在一次模拟实验中，研究团队按照秦朝典籍中记载的祭祀仪式步骤，结合现代科学技术，对山谷的能量场进行了精确的调控。就在大家满怀期待的时候，意想不到的事情发生了。实验引发了一场小规模的时空波动，虽然没有再次出现穿越现象，但却让周围的时间和空间出现了短暂的异常扭曲，一些实验设备的时间记录出现了错乱，周围的地形也发生了微小的变化。
这次意外的发生让研究团队既兴奋又担忧。兴奋的是，他们离揭开穿越之谜似乎又近了一步；担忧的是，如果不能准确控制这种时空波动，可能会引发不可预测的后果。
孙大宝和苏小宝迅速组织团队对实验数据进行分析，试图找出引发这次时空波动的关键因素。经过数天的日夜奋战，他们发现实验中对能量场强度和频率的调控与秦朝祭祀仪式中的某些特定环节存在着微妙的关联。
基于这一发现，他们对实验方案进行了优化。经过多次的调整和尝试，研究团队终于成功地再次触发了一次较为稳定的时空波动，并且通过先进的仪器设备，对波动过程中的时空变化进行了详细的记录和分析。
随着研究的不断推进，孙大宝和苏小宝的名字在学术界越来越响亮。他们的研究成果不仅为考古学领域带来了新的突破，也引起了科学界对时空穿越这一前沿课题的广泛关注。许多国际知名的科研机构纷纷向他们抛出橄榄枝，希望能够参与到这项具有重大意义的研究中来。
然而，就在研究取得重大进展的时候，一些质疑的声音也开始出现。部分保守的学者认为，孙大宝和苏小宝的研究过于冒险，穿越现象违背了现有的科学认知，可能会引发一系列不可控的风险，甚至对人类社会造成危害。
面对这些质疑，孙大宝和苏小宝没有选择回避。他们积极与各界进行沟通交流，详细阐述研究的目的和进展，强调他们在研究过程中的严谨态度和对风险的充分评估。他们表示，研究穿越现象并非是为了追求冒险和刺激，而是希望通过对这一神秘现象的探索，推动人类对时空本质的认识，为科学发展开辟新的道路。
在孙大宝和苏小宝的努力下，越来越多的人开始理解并支持他们的研究。研究团队也在不断壮大，吸引了来自不同领域的顶尖人才。他们继续在石门山的研究基地里，夜以继日地工作着，期待着能够彻底揭开穿越之谜，为人类的知识宝库增添新的光辉篇章。而他们的故事，也激励着无数年轻人投身于科学研究和历史探索的领域，勇敢地追寻那些未知的奥秘。
然而，正当研究团队满怀信心继续深入研究时，石门山研究基地突然遭遇了一场神秘的袭击。一群身着古装、手持奇异武器的人闯入基地，破坏了大量实验设备，还抢走了部分关键研究数据。孙大宝和苏小宝意识到，这些人似乎与他们研究的穿越现象有着某种关联。他们迅速组织团队展开调查，发现袭击者身上有着秦朝服饰的特征。难道是穿越时空而来的秦朝人？为了找回数据、阻止可能出现的更严重后果，孙大宝和苏小宝决定利用他们掌握的时空波动技术，穿越回秦朝寻找真相。他们做好准备，启动时空波动装置，一道光芒闪过，两人消失在了基地中，踏入了未知的秦朝世界，一段惊心动魄的时空之旅就此拉开帷幕。
孙大宝和苏小宝刚落地秦朝，便被一群秦朝士兵团团围住。他们试图用现代语言解释自己的来历，可士兵们一脸茫然，只当他们是怪人。就在僵持不下时，一位老者出现喝退了士兵。老者自称略通奇术，看出他们并非秦朝之人。
原来，在秦朝有一股神秘势力，他们知晓穿越时空之法，担心孙大宝和苏小宝的研究打破时空平衡，威胁到他们的利益，所以派人去现代袭击研究基地。老者愿意帮助孙大宝和苏小宝找回数据，前提是他们要协助阻止这股势力的疯狂计划。
于是，三人踏上了寻找神秘势力据点的征程。一路上，他们遭遇各种危险，也结识了不少豪杰。随着调查深入，他们离真相越来越近，一场与神秘势力的终极对决即将展开，而孙大宝和苏小宝能否在这秦朝世界力挽狂澜，带着数据安全返回现代，一切都是未知数。
他们终于找到了神秘势力的据点。据点守卫森严，机关重重。孙大宝和苏小宝利用现代知识，破解了一道道机关。进入据点后，他们发现神秘势力正在进行一场诡异的仪式，似乎想打开更大的时空通道，引发不可控的时空灾难。
就在他们准备出手阻止时，神秘势力首领现身。首领冷笑着说，他们的研究已经扰乱了时空秩序，只有通过这个仪式才能恢复平衡。孙大宝和苏小宝与之激烈争辩，指出这会带来更大的危害。
双方随即展开一场恶战。孙大宝和苏小宝凭借智慧和勇气，与豪杰们并肩作战，逐渐占据上风。关键时刻，苏小宝找到了被抢走的数据。最终，他们成功破坏了仪式，打败了神秘势力。
带着数据，孙大宝和苏小宝在老者的帮助下，再次启动时空波动装置。一道光芒闪过，他们回到了现代。研究得以继续，而他们在秦朝的经历，也成了一段传奇。
回到现代后，孙大宝和苏小宝以为一切尘埃落定。可不久后，研究基地的监测设备显示，时空波动出现了新的异常。原来，神秘势力虽被打败，但他们在秦朝进行的仪式还是留下了隐患，时空裂缝有扩大的迹象。
孙大宝和苏小宝意识到，必须再次穿越回去，彻底修复时空漏洞。他们再次准备好穿越所需物品，重新启动时空波动装置。