董卓虽然后来无力保住洛阳而退到了长安，但他退却的原因是复杂的，后方基地不稳、黑山军不断袭扰是主要原因，与关东联军的正面进攻关系不大。
当时京师一带流传的歌谣里有一句叫“河腊丛进”，关于这句话的意思，《汉末英雄记》解释说董卓滔天虐民，穷凶极恶，关东联军举兵共诛之，但大家你看我、我看你，“莫肯先进”，在各地停兵数十万，就像乌蜡虫一样，只有声势，却没有力量。
酸枣会盟的失败让曹操十分伤心。就在酸枣期间，曹操看到大家每天只知道喝酒，不思进取，他十分生气，有一次他当着大家的面说：“今兵以义动，持疑而不进，失天下之望，窍为诸君耻之！”话都说到这个份上了，但张邈等人仍然不以为然。
后来，曹操写了一首题为《嵩里行》的诗，诗中写道：“关东有义士，兴兵讨群凶。初期会盟津，乃心在咸阳。军合力不齐，踌躇而雁行。势利使人争，嗣还自相戕。淮南弟称号，刻玺于北方。铠甲生虮虱，万姓以死亡。
白骨露于野，千里无鸡鸣。生民百遗一，念之断人肠。”在这首诗里，曹操分析了关东联军失败的原因，他认为人心不齐造成了最后的失败，从“军合力不齐”发展到“势力使人争”，共同的敌人没有消灭，自己内部先发生了火并。曹操站在天下百姓的角度发出了感叹，称“念之断人肠”。
曹操一生都对此事一直耿耿于怀，多年后他在《让县自明本志令》里又提到了酸枣会盟，对于失败进行了反思。之所以让曹操念念不忘，是因为这次会盟的失败给他留下了惨痛的教训，也格外让他惋惜。在酸枣期间，曹操多次提出正确建议，号召大家齐心协力一举打败董卓，但得不到积极响应，大家只知道每天“置酒高会”，只有鲍信跟着曹操单独行动了一次，但却在汴水河畔被凉州军悍将徐荣击败。
曹操事后很生气，他率先离开了酸枣，先是到扬州募兵，之后到了黄河以北的河内郡，暂时依附于袁绍。曹操认为“军合力不齐”是关东联军失败的原因，这当然是最重要的一个方面，但关东联军的失败还有其他原因。
首先，一些重量级的地方实力派人物没有一同参与会盟，削弱了联军应有的影响力。当时洛阳以外还有不少实力派，如徐州的陶谦，幽州的刘虞和公孙瓒，辽西的公孙度，荆州的刘表，益州的刘焉，他们手握重兵，占据的地盘都很大，他们如果一块参加会盟，董卓恐怕连放手一拼的信心都没有了，没准会乖乖退回凉州去。
但陶谦等人并没有参加会盟，他们虽然没有公开反对关东联军，但他们仍然尊崇洛阳的天子，表明他们也不反对董卓。他们的态度之所以与袁绍等人不同，是因为他们已经拥有了一定实力，是既得利益者，对他们来说保住已得到的利益比冒险更明智。这些地方实力派抱着中立的态度，对关东联军缺乏实质上的支持。
其次，参加会盟的这些人大都是新赴任的地方官，没有什么根基，实力有限。韩馥等人上任普遍不到一年，虽然有朝廷正式颁发的委任状，但在世家大族左右地方政局的汉末时期，他们在地方上的影响力还十分有限。他们会盟时也都带来了不少人马，但大多数是冲着浩大的反董声势刚刚加入的新兵，缺乏必要的组织训练，战斗力不强。
曹操虽然勇气可嘉，但因为没有看到这一点，贸然出击，结果一战而溃，说明联军还不具备与强悍的凉州军正面交锋的实力，应该抓紧训练，提高队伍的战斗力，之后再与凉州军决战。另外，关东联军的后勤保障也是问题，这么多人聚集在一块，需要源源不断地提供军粮，但袁绍、王匡、张邈等人在地方上实力有限，没有积累，加上转眼到了青黄不接的春季，军粮供应不上，粮食吃完便一哄而散了。
第三，董卓挑起了关东联军的内讧。董卓对付关东联军除了用凉州军猛打之外，还动用了少有的政治智慧，派使团到关东劝降就是一招妙棋，袁绍不明就里，加上自己父亲、叔父几十口人刚刚被杀，有点冲动，他下令把董卓派来的使臣都杀了，结果犯下了大错。董卓派出来的这几位使者分别是大鸿胪卿韩融、少府卿阴修、执金吾胡母班、将作大匠吴修、越骑校尉王环，这些人不仅是朝廷部长级的重臣，而且都是名士，像泰山郡人胡母班，年轻时就很有名，跟度尚、张邈等八个人“轻财赴义，振济人士”，被称为“八厨”。
袁绍不分清红皀白，下令把他们全杀了，最后除因韩融知名度太大免去一死外，其他人都死于袁绍之手。其实这正是董卓的阴谋，他派使臣到关东劝降，成功了可以不战而解关东的威胁，不成功就把韩融这些人交给袁绍等人处理，至少可以解除他们在朝中对自己的潜在威胁。哪想到袁绍把他们杀了，这更中董卓下怀，此举无疑挑起了关东联军与士人们的内斗。
王匡接到要他杀胡母班的命令，据谢承的《后汉书》记载，胡母班在狱中给王匡写信陈情，说“仆与董卓有何亲戚，义岂同恶”？但王匡还是执行了袁绍的命令杀了胡母班。王匡的行为激起胡母班族人以及同情者的愤怒，他们后来联合起来把王匡杀了。关东联军由此内讧不断，刘岱与桥瑁相恶，刘岱杀了桥瑁，袁术那边的主将孙坚更是连杀荆州刺史王睿和南阳郡太守张咨，这就是曹操所说的“势利使人争”。
第四，关东联军缺少强有力的统一指挥。联军在酸枣会盟时袁绍还在渤海郡，虽然大家公推他为盟主，但象征意义大于实际意义，袁绍当时的处境较为艰难，由于冀州牧韩馥对他心存猜忌，所以他的行动受到限制，更不要说统筹规划讨董大业了。后来袁绍处境虽有所改善，但实力仍然不强，他到河内郡与王匡联合，其实是来寻求依靠的。