军队是国家的最大保护，登基之后的阿方索一直将其看做第一优先事务，这也是为什么他一登基，就十分热衷炮兵的改革的原因，显然炮兵改革暴露的军事问题更需要解决，否则等待敌人打到你家门口，恐怕就要唏嘘了。
1789年的2月18日，阿方索责令组建“军队章程和改革委员会”由23名有着战争经验的高级将领组成。安东尼奥.里卡多斯上将作为委员会的主席，负责审查军队的构成、规模、后勤、征募、训练和战术等等。
至于的改革的方向，军事研究的前人其实早就给出了答案。为什么法国人在大革命后的军队如此强大，那是因为他们早早就站在几代法国军事家的肩膀之上。他们都针对困境而做出了各种改革。正是他们的理论依据和实践结果，成就了科西嘉少年的法兰西帝国梦。
喜欢读书的阿方索评阅过很多当代的书籍，在十八世纪缺乏现代娱乐活动的时代，看书成了阿方索最打发时间和活动。
奥地利王位战争为法国取得逆转胜的莫里斯.萨克斯元帅写就的《我的梦想》，就提倡普遍兵役制，并要求所有身体合格的国民都要服役5年。军队要给予基层士兵以良好待遇，在提拔军官时不应该依靠出身来做决定。另外他建议废除兵种单一的营-团-军体制，组建由骑兵、步兵、炮兵和工兵混编的新式军团。这些思想在后来都被大革命时期的法军所接纳，成为现代军队中的师级单位雏形。
还有就是法国军事思想家的吉贝尔特的《战术通论》，可以说将国民军队看得比的莫里斯.萨克斯更加彻底，认为需要通过动员起所有人的政治热情，打造出一支在军事素质和数量上都占优势的全民军队。因为旧的王权时代，大部分战争交给少量职业军人。结果是国民对战争毫无关心，许多非军事贵族也不重视对军事科学的研究。贝吉特还充满自信的写到，一旦新式的全民军队建立，必然会是横扫这些陈旧死板的旧势力武装。
对于战争本身，吉贝尔特强调运动战胜过围攻战。他尖锐的指出，那些缺乏士气的王权军队，经常把战争变成了消耗金钱的游戏。国民花费大量税金用于修建土木工事、维护大炮运作和围城期间的其他消耗。士兵则呆在分散的要塞中，因时间而压抑而变得消极与懦弱。在他看来，一支果敢勇猛的军队应最大限度集中兵力，主动寻找敌军主力，将其在战场上加以消灭。这样可以在最短时间获得战争胜利，并最大限度的减轻国民的经济压力。
历史上，随着法国大革命的到来与欧陆反法同盟的形成，吉贝尔特的理想军队开始迅速孵化。当年由萨克斯元帅提出的技术指导，则赋予新的法兰西共和国军队以强大战力。前后两代人的理论探索，最终在科西嘉皇帝手里整合为全面优势。
只可惜尚还在法国陆军担任首席军事顾问的吉贝尔特无法得到保守的政府信任，一直没有采纳他的建议。
既然有了方向，那就要执行。不过阿方索毕竟已经过了中二的年纪，没有想着要一步到位，法国人用一场革命葬送了王室和特权阶级，而阿方索可不想引火自焚，说到底国王也是贵族阶级特殊的一个而已。他更喜欢温水煮青蛙，一步一步进行变革。
首先开刀的就是清退西班牙高阶那是无用的贵族将领。军官成为贵族为避免破产而榨取年金俸禄的一条途径，大量的贵族被塞进军官队伍。这些军官身上的封建贵族习气浓重，他们中的5\/6根本不去军营生活，即便在在军营也往往携带大量行李仆从，给军队带来沉重的不必要负担。他们为了分食军禄，这些军官有时会轮流到军指挥然后瓜分军饷。
里卡多斯元帅对于这件事情十分痛恨，因此新官上任就是对他们开刀，一下子削减了三分之二的挂名贵族的职位，结果便使得高昂的军费也减少了不少。贵族们对这次改革也有反抗和抱怨的，但是阿方索一直对于此事装聋作哑。而节省出来的军事开支，自然就被用在了提高了士兵的薪资和待遇上。
“士兵的伙食需要提高，欠薪问题不能在西班牙的军队出现，另外给予额外的津贴作为奖励。奖励可以通过公开的集会进行，让社会的报纸进行报道和围观，改善人民对于军队的刻板印象。”在阿方索看来，物质奖励是军队最重要的激励措施，但是公开集会赞扬军队对于国家的奉献，也是必不可少。因为过去西班牙参与多次王朝战争，人民对于西班牙的战争不管不问，对于政府强行征兆看做猛虎一样逃离，因此有必须积极改变社会对于军队的偏见。
当然人民对于军队的“偏见”可不只只一个，最大的“偏见”就是军队中各种严厉的惩罚措施和无数小规章制度的约束。
自七年战争，普鲁士王国的强军脱颖而出，西班牙军队的组织、训练和战斗方式，都学自普鲁士腓特烈大帝建立的制度，就像同时期其他欧洲国家一样，效仿了18世纪最伟大的战士，以此打造纪录军队。可是就是这样的军队，让更多的西班牙人逃逸军队，甚至阿方索见了那些军规都是要摇头的。
他们被要求在社会上懂得礼貌，在公共场合必须穿制服，保持在头发上擦粉，并随时要穿着整齐。他们被禁止在公共场合坐下或抽烟，这对士兵来说是极其痛苦的，据说西班牙军队是通过卷烟或雪茄烟屁股的垃圾来检测的。
天知道，这些士兵过去尝尝被政府欠薪，哪来的钱买入崭新的制服。阿方索也要求适当减少不符合人道的惩罚，对于士兵的约束集中在军队的战力上，而不是什么外在表面追求。
“体罚是需要的，不过不能本末倒置。”阿方索提出一系列建议，他身边的记录官一一记下，送到“军队章程和改革委员会”，自有人会在上面提出。