杨远航等人带着基因之源回到地球，本以为能迎来短暂安宁，可宇宙的危机并未真正解除。地球的监测站突然捕捉到一系列异常信号，追踪之下发现竟是黑暗势力的残余在遥远星系集结，他们在一处废弃星球建立秘密基地，似乎在酝酿一场可怕的阴谋。
与此同时，地球上一些基因实验室出现莫名故障，实验样本被破坏，疑似黑暗势力的报复行动。林婉婷负责调查这些事件，发现背后有一股神秘力量干扰，破坏者不仅熟知地球的基因研究体系，还巧妙避开了所有监控。她日夜不停地分析线索，眼睛布满血丝，心急如焚，深知黑暗势力可能在策划一场针对基因之源的致命反击。
杨远航与小棠决定重返宇宙，探寻黑暗势力的动向。他们驾驶星际飞船抵达那处废弃星球附近，发现黑暗势力正在组装一种巨型武器，其能量波动与基因力量紧密相关，一旦启动，可能会对宇宙基因平衡造成不可逆的破坏。小棠眉头紧锁，心中隐隐不安：“这武器的能量反应太诡异了，和我们之前遇到的完全不同。”
就在杨远航和小棠准备进一步侦查时，黑暗势力发现了他们。一场激烈的星际追逐战就此展开，黑暗飞船紧追不舍，不断发射能量炮攻击。能量炮擦着星际飞船飞过，留下一道道炽热的轨迹。杨远航凭借精湛的驾驶技术躲避攻击，小棠则尝试用基因之源的力量干扰黑暗飞船的导航系统。
在激烈交锋中，小棠发现黑暗势力的武器核心与之前遇到的神秘晶体有着相似之处，她意识到这武器或许能削弱基因之源的力量。而此时，地球上的林婉婷也有了新发现，她通过分析被破坏的实验样本，找到了黑暗势力入侵的线索，并顺着线索破解了部分黑暗势力的通讯密码，得知他们将在特定时间发动攻击，目标正是存放基因之源的地球基地。
杨远航和小棠得知消息后，立刻赶回地球。可黑暗势力早已在地球周围布下重重防线，他们突破防线时，基地已经遭到攻击。守护基地的力量节节败退，黑暗势力即将攻入存放基因之源的核心区域。林婉婷在基地内焦急地指挥着防御，汗水湿透了后背：“快撑不住了，你们到底什么时候回来！”
杨远航和小棠赶回基地，加入战斗。黑暗势力的首领站在战场上，露出狰狞的笑容，要求交出基因之源。杨远航等人毫不退缩，双方展开激烈战斗。黑暗势力的新型武器启动，强大的能量冲击向基因之源，试图抵消其力量。
小棠全力释放基因之源的力量抵抗，却渐渐感到吃力。关键时刻，星耀赶到，带来了宇宙中其他正义力量的支援。星耀利用宇宙能量牵制黑暗势力的武器，杨远航和林婉婷则带领部队对黑暗势力进行反击。战场上，激光交错，爆炸声不断，喊杀声震耳欲聋。
小棠集中精神，深入领悟基因之源与宇宙万物的联系，她发现黑暗势力武器的能量波动存在破绽。她咬紧牙关，将基因之源的力量精准注入破绽处，引发武器内部能量紊乱。随着一声巨响，黑暗势力的武器被摧毁。
失去武器的黑暗势力开始溃败，首领见大势已去，妄图抢夺基因之源逃走。杨远航与他展开近身搏斗，在众人的配合下，成功制服首领，彻底粉碎了黑暗势力的阴谋。
危机解除后，宇宙恢复了平静。杨远航等人深知，未来或许还会有新的挑战，但他们凭借着勇气与智慧，一次次守护了宇宙的和平。他们将继续守护基因之源，时刻警惕未知的危险，成为宇宙和平的坚实守护者。