爆炸的气浪将秦明掀翻在岸边时，他怀中的大宝突然抓住他染血的衣襟，颤抖着指向湖面：“看！”波光粼粼的水面下，一个黑影正托着襁褓缓缓下沉，婴儿啼哭穿透夜色，与实验室的爆炸声交织成诡异的乐章。秦明毫不犹豫地跃入冰冷的湖水，刺骨的寒意中，他摸到襁褓边缘的蛇形暗纹——那是“影子议会”独有的标记。
三个月后，公安部地下研究所。秦明凝视着培养舱内的婴儿，小家伙正挥舞着肉乎乎的小手，脚腕上的编号已被医用激光消除。基因检测报告显示，婴儿的dNA与他的克隆体存在微妙差异，却又与“影子议会”核心成员的基因序列产生神秘共振。“他不是普通婴儿，”所长将一叠文件推到秦明面前，“更像是某种‘钥匙’，能打开组织最核心的秘密。”
深夜的法医办公室，大宝抱着一摞案卷匆匆赶来：“秦哥，新案子！城郊工地发现六具无头女尸，胸腔里都塞着一枚刻着蛇形纹的铜锁。”现场照片中，尸体的摆放姿势组成一个古老的占星图案，指向冬至日的星空方位。更令人毛骨悚然的是，每具尸体的指甲缝里，都残留着金色闪粉——与游乐场女尸的线索完全吻合。
林涛的恢复进度超出预期，但他时常在睡梦中呓语，重复着“不要相信眼睛”。当他看到工地案的现场照片时，突然抓住秦明的手腕：“我在昏迷时见过这个图案，在‘影子议会’的密室里，他们围着一个祭坛……祭坛中央，放着的就是那个婴儿。”
公安部紧急重启“九头蛇”专案组，却发现所有案件的关联人都指向一个意外目标——本市着名的儿童福利院。福利院院长是位慈祥的老妇人，面对审讯始终面带微笑，她轻轻抚摸着婴儿的小脸：“孩子是神的礼物，也是惩罚的钥匙。你们以为销毁了实验室，就能斩断轮回？”
在福利院地下室，专案组发现了一个巨大的星象仪，每根指针都连接着全国各地的坐标。当秦明将婴儿抱到星象仪中央时，仪器突然启动，穹顶投影出横跨七十年的血腥地图：1947年的连环杀人案、二十年前的医疗事故、如今的器官黑市……所有案件的案发地，竟构成一个完整的蛇形图腾。
老妇人的声音从扩音器中传来：“每七十年，蛇会蜕皮重生。你们抓住的不过是旧皮，真正的核心，藏在时间的褶皱里。”话音未落，星象仪开始逆向旋转，墙壁上浮现出秦明的童年照片——原来从他考入警校的那一刻起，就已成为这场千年棋局中的关键一子。
婴儿突然放声大哭，星象仪爆发出刺目蓝光。当光芒消散，地下室的电脑自动打开，显示着“影子议会”最新密令：“启动终局计划，献祭破局者血脉，唤醒永恒蛇身。” 而文件末尾的签署人照片，竟是秦明自己的脸。