却说那日在敦煌城门与众人作别后，周芷若快马加鞭赶回峨眉，一路上山风拂面，她心中却思绪万千。峨眉山上，弟子们早已等候多时，见掌门归来，纷纷行礼。周芷若望着这些年轻的面庞，暗自发誓定要将峨眉发扬光大。
此后，她闭关月余，潜心钻研敦煌所得武学与经文。峨眉金顶之上，她日夜苦练，那本古朴经书中的梵文要义、武功心法逐渐被她参透。那经文仿若来自西域佛国的智慧密藏，每一个梵文符号都似藏着天地玄机，经她反复揣摩、以心印法，终与峨眉剑法相融。使得剑法更加凌厉诡谲，兼具刚柔，出招之际，剑势如虹，隐隐透着一股梵音禅意，让人防不胜防。
再说叶澜清，别了众人后，一路东行。一日，行至一处荒僻山谷，谷中云雾缭绕，仿若仙境。他正欲穿过山谷寻路，却见前方山洞中有光芒闪烁。好奇之下，入洞探寻，只见洞壁之上刻满符文，中央石台上放着一本秘籍，封皮上书《乾坤混元诀》。叶澜清心中大喜，知晓这是一场难得机缘。当下，他在洞中盘坐，翻开秘籍研读起来。
这秘籍所记武功，博大精深，以内力混元为基，招式变幻莫测，能引天地之力为己用。其上文字古奥，仿若上古仙人遗篇，既有道家冲虚圆通之理，又含兵家纵横捭阖之势，叶澜清浸淫其中，日夜不辍。饿了食些野果，渴了饮山泉水，于这山谷静谧之中，仿若与天地灵气相通。
数月过去，叶澜清终将这《乾坤混元诀》初窥门径。出谷之时，他只觉浑身真气鼓荡，举手投足皆有莫大威力。途经西安府，见此地江湖龙蛇混杂，侠义之风不盛，心念一动，便决定留在此地，开创门派。
他寻得一处废弃道观，带领几位志同道合的江湖豪杰，修葺一新，取名“混元派”。开山收徒，传授武艺，叶澜清谨遵侠义为本，所收弟子皆品性纯良之人。他将《乾坤混元诀》拆解，由浅入深，化为入门、进阶功法，教给弟子。
短短时日，混元派在西安府声名渐起，常有弟子外出行侠仗义，惩治恶霸。有一回，城中百姓受一伙悍匪欺压，混元派弟子闻风而动，施展混元功法，以刚猛劲道与灵动身法相结合，不过盏茶功夫，便将悍匪打得落花流水，百姓欢呼雀跃，对混元派赞誉有加。
时光匆匆，数年过去，混元派已颇具规模，成了西安府一武林大派。江湖中，提起叶澜清之名，亦是人人称道。而周芷若在峨眉同样建树颇丰，峨眉派在她的引领下，重振雄风，弟子武功高强，常为江湖主持公道。
一日，周芷若在峨眉密室整理典籍，偶然翻到一本古籍，其上记载：“倚天剑，上古神兵，若有损，寻烈火精金，配以九阳真火重铸，方可复原。”看到此处，周芷若心中一动。自灵蛇岛刀剑互砍，倚天剑断裂，虽依旧锋利，但已成两截废铁，若能重铸，一代神兵利器“倚天剑”有望复原，成为峨眉镇派之宝。当下，她安排好门派诸事，启程前往光明顶。
光明顶之上，昔日明教总坛如今已换了景象。周芷若寻到锐金旗掌旗使吴劲草，说明来意。吴劲草见是周芷若，拱手笑道：“周掌门，多年不见，风采依旧啊。听闻峨眉在你手中蒸蒸日上，可喜可贺。”周芷若微微点头：“吴前辈，今日前来，是想咨询您重铸倚天剑的事情，我在峨眉典籍找到倚天剑修复之法…”吴劲草抚须道：“这倚天剑乃神兵，重铸不易，不过既然周掌门所有此想法，吴某还需请示杨教主和张教主定夺。”
其时杨逍代张无忌行使教主权力，他知道周芷若与张无忌已经和解并已成兄妹关系，他这里自然无话可说，但按照明教程序动用圣火筑器是大事，尤其那倚天剑还是当年残杀过明教不少弟兄的神兵利器，所以还是决定飞鸽传书请示张无忌。
信中写道：“张教主台鉴，今周芷若周掌门前来光明顶，欲重铸倚天剑。想当年江湖纷争，倚天剑多有杀伤本教兄弟，本不该旧事重提，如今明教峨眉两派一心，且今时不同往日。朱元璋那厮，身为明教出身，却对昔日兄弟过河拆桥，诸多行径令人心寒。若能重铸倚天剑，使其重现江湖，一则可震慑宵小，二来也可作为一种警示，望教主斟酌。”
在这等待期间，周芷若与杨逍交流了诸多事情。杨逍将信中详情告知芷若，谈及朱元璋近年所作所为，扩充势力后对明教旧部打压排挤，诸多兄弟敢怒不敢言。周芷若听后，蛾眉微蹙，暗暗叹息江湖诡谲，人心难测。
恰在此时，光明顶议事厅中，几位明教高手正在谈论江湖诸事。“听闻那西安府出了个叶澜清，创立混元派，数年之间，将门派打理得风生水起，门下弟子个个武艺高强，在当地行侠仗义，好不威风。”“是啊，此人武功路数颇为神秘，据说能引天地之力，当真是不可小觑。”
周芷若在一旁听得真切，心中一动。自敦煌分别后，她忙于峨眉事务，虽偶尔想起叶澜清，却也无暇顾及。如今听闻他这般成就，心中竟涌起一丝莫名的情愫与欣慰。当下，她决定等倚天剑修复完好后前往西安府一探究竟。
张无忌收到飞鸽传书，看着信笺，心中感慨万千，喃喃自语：“看来倚天剑又要重出江湖了…往昔恩怨情仇，但愿此番重铸能为江湖添几分安宁。这朱元璋，若真背离侠义之道，确需有所警示。”他当即回信同意，言辞恳切，表示可以重铸倚天剑，但要杨逍转告周芷若不可轻易将倚天剑出示于江湖，须待合适时机，与他手上已重铸的屠龙刀一起亮相，届时他会有通知给周掌门。
七天后，杨逍收到张无忌回信，信中说道：
“杨教主如晤：
来书收悉，所言重铸倚天剑一事，吾意可也。倚天、屠龙，皆为绝世神兵，其重铸与现世，关乎江湖气运，不可不慎。
烦请转告周掌门，倚天剑虽可重铸，然万不可轻易出示于江湖。当今之世，江湖波谲，各方势力盘根错节，若贸然现世，恐引无端纷争，徒增杀戮。吾手中屠龙刀已重铸完毕，待合适时机，当使倚天、屠龙一同亮相江湖。彼时，吾自会传信于周掌门，共商大计，以安武林。望杨教主与明教诸同仁，善加筹备铸剑之事，若有他事需吾效力，亦请直言，无忌必当尽力。”
杨逍收到回信后，立即安排锐金旗负责铸剑事宜。吴劲草召集众人，在圣坛燃起熊熊烈火，这是明教独有的九阳真火。明教圣火令此时置于圣坛一侧，其上符文闪耀，隐隐与火焰呼应。圣火令乃明教圣物，相传蕴含着明教历代高手的武学精要与神秘咒力，在铸剑之时，能以其独特力量引导九阳真火，使之更为精纯、狂暴，确保剑坯在烈火中完美融合、重塑。只见吴劲草取出断裂的倚天剑，置于火中，众人围绕，口中念念有词，皆是明教古老的铸剑咒文。火焰升腾，剑坯在火中逐渐变红、熔化。周芷若目不转睛地盯着，心中既紧张又期待。
历经一日一夜，炉火渐息，一把崭新的倚天剑缓缓成型。剑身寒光闪烁，龙吟之声不绝于耳，较之前更显威严。周芷若握住剑柄，轻轻一挥，一道剑气划过，周遭巨石应声而裂。她心中大喜，向吴劲草等人道谢后，便欲启程。
周芷若一路向北向东行，不日抵达西安府。混元派山门气势恢宏，弟子往来巡逻，井然有序。她上前表明身份，守门弟子不敢怠慢，连忙入内通报。叶澜清听闻周芷若前来，又惊又喜，亲自迎出山门。
只见周芷若一袭青衫，手持宝剑，面容清冷依旧，却多了几分成熟韵味。叶澜清快步上前，拱手道：“周掌门，什么风把你吹来了？稀客稀客！”周芷若微微侧目，轻声道：“听闻叶公子在西安府创下偌大基业，特来拜访。”二人并肩步入混元派，一路上，周芷若见门派中处处透着严谨、正气，心中暗暗赞许。
叶澜清引周芷若至大厅，命人奉上香茗。二人相对而坐，谈及别后江湖经历，感慨万千。周芷若说起峨眉重振，叶澜清不住点头；叶澜清讲述创立混元派的艰辛，周芷若亦面露钦佩之色。不知不觉，已至黄昏。
叶澜清设宴款待周芷若，席间，弟子们听闻周掌门前来，纷纷前来敬酒。周芷若见混元派弟子如此敬重自己，心中暖意融融。酒过三巡，周芷若起身告辞，叶澜清欲挽留，却知她峨眉事务繁忙，只得送她下山。
望着周芷若远去的背影，叶澜清久久伫立。而周芷若一路上，亦是心潮起伏。此后，江湖中时常有二人的传闻，或是峨眉与混元派携手除害，曾有一次，川西之地出现一伙神秘马贼，烧杀抢掠，无恶不作，峨眉弟子与混元派高手闻讯而动，双方配合默契，周芷若以峨眉剑斩敌首领，叶澜清施展混元神功震散贼众，一举荡平匪患；或是二人偶然相聚切磋武艺，在华山之巅，二人以武会友，周芷若剑法灵动，叶澜清招式雄浑，引得江湖豪杰纷纷前来观战，喝彩声此起彼伏。