在星耀联邦与宇宙联盟达成合作后，联合调查组全力投入对神秘势力的调查。杰克小队凭借丰富的侦察和战斗经验，在调查中发挥着关键作用。他们穿梭于各个可疑星系，不放过任何一个线索，逐渐拼凑出神秘势力的部分轮廓。
通过对神秘战舰残骸和能量残留的深入分析，科研人员发现，这股神秘势力使用的科技极为独特，既不同于宇宙联盟，也迥异于星耀联邦，似乎来自宇宙中一个未知的角落。随着调查的推进，一个惊人的秘密逐渐浮出水面——神秘势力的超级武器，竟是基于一种古老而禁忌的能量研究而成。
这种能量被称为“黯星能量”，传说中蕴含着无尽的毁灭力量，曾因过于危险而被宇宙中的古老文明所封印。神秘势力不知通过何种手段，解开了封印并尝试将其武器化。一旦他们成功，整个宇宙都将在这种恐怖能量的肆虐下化为灰烬。
洛克斯将军和星耀联邦的领导人得知这一消息后，都深感震惊。他们意识到，必须尽快找到神秘势力的总部，摧毁其武器研发设施，才能阻止这场灭顶之灾。于是，联合舰队开始了大规模的搜索行动，以已知线索为导向，在宇宙中展开地毯式排查。
杰克小队主动请缨，深入危险区域进行侦察。他们驾驶着经过双方科技共同升级的侦察舰，在宇宙中小心翼翼地前行。在一次侦察任务中，艾丽发现了一个微弱的信号，其波动特征与黯星能量极为相似。杰克立刻带领小队朝着信号源追踪而去。
经过漫长的追寻，他们在一片被废弃的星云中发现了神秘势力的踪迹。这里隐藏着一个庞大的基地，周围布满了先进的防御设施和强大的能量护盾。基地中不断传出诡异的能量波动，显然就是神秘势力进行暗星能量研究的核心区域。
杰克小队小心翼翼地靠近基地，试图获取更多情报。然而，他们的行动还是引起了神秘势力的警觉。瞬间，基地周围的防御系统启动，无数的防空炮火和拦截导弹朝着侦察舰袭来。杰克驾驶着侦察舰灵活躲避，同时命令队员们进行反击。
在激烈的交火中，侦察舰虽然凭借先进的技术暂时抵御住了攻击，但也受到了一定程度的损伤。神秘势力的战舰纷纷出动，将侦察舰团团围住。杰克意识到，单凭他们小队无法突破敌人的防线，必须尽快向联合舰队发出求救信号。
就在他们发出信号的同时，神秘势力的战舰发动了更加猛烈的攻击。侦察舰的能量护盾在强大的火力下摇摇欲坠，队员们都做好了殊死一搏的准备。关键时刻，联合舰队赶到了。洛克斯将军率领宇宙联盟的战舰，与星耀联邦的舰队并肩作战，迅速突破了神秘势力的包围圈，将杰克小队解救出来。
联合舰队与神秘势力展开了一场激烈的太空大战。双方的战舰你来我往，炮火纷飞。神秘势力的战舰虽然强大，但联合舰队凭借着紧密的配合和先进的战术，逐渐占据了上风。然而，神秘势力的基地防御系统异常坚固，联合舰队的攻击一时无法对其造成实质性的破坏。
就在战局陷入僵持时，杰克突然想到了一个办法。他们在之前的侦察中发现，基地的能量护盾存在一个能量汇聚点，如果能够集中火力攻击这个点，或许能够打破护盾。杰克将这个想法告诉了洛克斯将军和星耀联邦的指挥官，得到了他们的认可。
于是，联合舰队调整战术，集中所有火力，朝着能量汇聚点发动了一轮又一轮的攻击。在强大的炮火下，能量护盾终于出现了裂缝。随着裂缝的不断扩大，护盾最终彻底崩溃。联合舰队趁势发动总攻，朝着神秘势力的基地冲去。
神秘势力见大势已去，开始疯狂抵抗。他们启动了基地内的各种防御武器，甚至不惜使用一些自杀式攻击。联合舰队在进攻中遭遇了顽强的抵抗，损失惨重。但战士们毫不退缩，他们深知这场战斗的意义，为了宇宙的和平，必须勇往直前。
在激烈的战斗中，杰克小队发现了一条通往基地核心区域的秘密通道。他们决定带领一支突击小队，潜入基地内部，摧毁暗星能量武器。突击小队在枪林弹雨中艰难前行，终于抵达了核心区域。
这里摆放着一个巨大的装置，正是神秘势力正在研发的暗星能量武器。周围的设备不断闪烁着诡异的光芒，显示着武器即将完成启动。杰克和队员们立刻开始寻找装置的弱点，准备进行破坏。
然而，神秘势力早已在核心区域布置了重重防御。一群强大的机械卫兵出现，将突击小队团团围住。这些机械卫兵拥有超强的战斗力和防御力，突击小队陷入了苦战。
就在他们快要支撑不住时，星耀联邦的一支支援小队赶到了。两支小队并肩作战，终于消灭了机械卫兵。他们趁机对暗星能量武器发动攻击，成功破坏了武器的启动装置。
随着装置的损坏，整个基地开始发生剧烈的爆炸。神秘势力的阴谋彻底破产，联合舰队取得了最终的胜利。然而，这场胜利付出了巨大的代价，许多战舰在战斗中被摧毁，无数战士牺牲了生命。
战后，宇宙联盟和星耀联邦开始清理战场，重建受损的区域。他们深知，这场危机虽然暂时解除，但宇宙中仍然存在着许多未知的威胁。为了确保宇宙的和平与安全，双方决定进一步加强合作，共同建立一个更加完善的防御体系。
杰克小队因为在这场战斗中的出色表现，再次成为了宇宙的英雄。他们的事迹被传颂于各个星系，激励着更多的人投身于宇宙的保卫事业。洛克斯将军对杰克和队员们进行了表彰，他感慨地说：“你们的勇敢和智慧，拯救了整个宇宙。但我们不能忘记，和平来之不易，我们必须时刻保持警惕，守护好这片宇宙家园。”
杰克和队员们看着满目疮痍的宇宙，心中充满了使命感。他们知道，未来的道路依然漫长而艰辛，但无论遇到什么困难，他们都将毫不犹豫地挺身而出，为了宇宙的和平与安宁，继续战斗下去。
在接下来的日子里，宇宙联盟和星耀联邦加快了合作的步伐。他们共同研发新的科技，分享资源，加强军事训练，提升整体实力。同时，他们还派遣了更多的探索队，深入宇宙的各个角落，寻找可能存在的威胁，提前做好防范。
而杰克小队，也没有停下脚步。他们继续执行各种侦察和任务，为宇宙的和平贡献着自己的力量。在一次执行任务的过程中，杰克收到了一个神秘的信号。这个信号似乎来自遥远的宇宙深处，蕴含着一种未知的信息。杰克心中一动，他意识到，这或许又是一次新的挑战的开始……