皇太极掌权之后，国策就是打进山海关，跟明朝逐鹿天下，但是在辽西屡屡受挫，不得不找别的出路，于是将目光投向了漠南蒙古，如果统一了漠南蒙古，那就可以借道向大明进攻。要说蒙古啊和女真其实他们的生活的地方的界限并不是明显，所以就争斗不断，但是之前都是蒙古占上风，到了后金努尔哈赤的时候这个强弱倒过来了，后金比蒙古强大了了，其中还有个小插曲，当时努尔哈赤给蒙古的察哈尔的林丹汗写信，这个林丹汗还牛哄哄的给努尔哈赤回信说统领四十万众的蒙古大汗问统领六万之众的女真主安，努尔哈赤看着这封信是勃然大怒说，你个臭不要脸的，我虽然六万但是我把明朝打得是丢盔弃甲，你统领四十万众，你让人家打的那个鸟样，咱俩要不比划比划。看我不踏平了你的部落。两人就开始骂，但是随着女真的实力越来越强，于是从防守改成了进攻。以前总是蒙古占上风，现在是女真占上风了。
皇太极知道要想征服蒙古，必须先打败察哈尔林丹汗。但是蒙古不是林丹汗一个部落，所以皇太极对其他的部落是或拉拢，或联姻，或征服，或劝诱，瓦解林丹汗控制的蒙古各部。皇太极也把他老爹的联姻的能力发挥的是淋漓尽致，他的五大正妃三个都是出自蒙古的科尔沁蒙古，一个是他的原配孝端文皇后哲哲，还有宸妃海兰珠，在一个就是我们比较熟悉的清朝开国的女政治家孝庄文皇后布木布泰，其中海兰珠和孝庄还是哲哲的侄女，也就是说姑侄三个都嫁给了皇太极。咱也不知道当时这是什么辈分，可能是当时不讲这个吧。
扫清了皇太极精心布置的其他部落的问题，这个林丹汗也是不知道天高地厚的主，因为他是成吉思汗黄金家族的后代，为了统一蒙古想学习他的祖先成吉思汗，他得罪了不少的蒙古王公贵族，于是外围的部落，纷纷投向了后金的怀抱，皇太极一看时机成熟了，1628年皇太极两次征讨林丹汗，打得林丹汗是丢盔弃甲，狼狈不堪，林丹汗是边跑边扔，皇太极跟着屁股后面一路是边追边捡，军力又扩充了不少，这才叫以战养战。1636年的夏天，最后林丹汗由于每日纵情享乐再加上让皇太极打得也是比较郁闷于是在甘肃隔壁的大草滩上去世了。
皇太极这时候派多尔衮去征讨林丹汗的继位者额哲，最后多尔衮兵不血刃，额哲投降了后金，说向后金称臣，皇太极还娶了额哲的老妈，就是囊囊福晋，林丹汗其他的女人还被皇太极分给了他的儿子们，听说豪格就分了一个，你说这是什么辈分，儿子和爹娶了平辈的人，但是当时的后金不讲这个无所谓，这还不是最重要的，额哲一看我遵照你为大汗，不但继承了我爸的地盘还继承了我妈，得了，我把我爸的玉玺也献给你吧。
要说这个玉玺那可是大有来头的，是元朝皇室逃跑的时候丢了的，基本上无论哪个朝代哪个帝王获得了传国玉玺那可以宣布这就是当时的顺应天命的真龙太子，无论是谁都得进行朝拜，历史把这个机遇给了皇太极。
这样漠南蒙古统一了，从此和满洲连为了一体，他成了蒙古合法的统治者。接着皇太极将八旗的文化推行到到了蒙古地区，结合蒙古传统的联盟的组织形式，创立了盟旗制。比如漠南蒙古49旗6盟。旗是军政合一的行政规划，以蒙古贵族为札萨克，划定各个旗的游牧的边界，不能随意越界，违者严惩不贷，听说一般的惩罚就是斩首。后面中央设立了理藩院，统一管理蒙古各部。
从此，蒙古高原结束了元朝亡国之后长期混乱分裂的局面，进入了安定的时期。从此，蒙古被纳入了后金的版图，成为了后金政权的一部分。1636年49个贝勒一起来到了盛京，共同拥戴皇太极继承蒙古可汗大统，皇太极用慑之以兵，怀之以德的策略给解决了，从这点就能看出来，能继承努尔哈赤的只有是皇太极，他老爹当年是顺者以德服，逆者以兵临，其实都是一样的，用句现在的话就是顺我者昌逆我者亡，从此满蒙一体，就剩大明一个敌人了。