【起初张献忠在江南一路攻城掠地打下不少城池，但继续南下后发觉明朝食利阶级在此处根深蒂固。
江南地区的豪绅和地主势力为求自保这个共同利益，难得出钱出力组织起了武装力量对抗张献忠的军队。
同时也终于愿意在这等危及自身的情况下，为明军提供物资和情报支持，增加了张献忠在当地建立统治的难度。
攻势受挫的张献忠不得不向明军防守相对薄弱的湖北转移。
1635年，面对明军重兵围剿的形势下，张献忠、李自成、高迎祥分别以运动战形式转战河南、湖北一带。
因为没有稳定的根据地发展生产力获得补给，他们只能一路劫掠容易攻克的城镇，并沿途裹挟各地百姓补充被不断歼灭的有生力量。
1636年，明廷以卢象升为五省总督专治中原起义军，洪承畴专治西北，以分兵策略限制起义军行动范围。
同年高迎祥被卢象升包围在郧阳山区，后在黑水峪被新任陕西巡抚孙传庭伏兵击败。
高迎祥被俘，后被押至北京遭凌迟处死。
高迎祥余部投奔了李自成。
第一代起义军闯王就此死亡，李自成顺势继承“闯王”称号，继续领导起义军与明朝对抗。
由于张献忠是十三家起义军元老之一，而李自成最初只是高迎祥部下的闯将，地位远低于张献忠。
李自成虽继任闯王之位，但张献忠自恃资历老，不愿屈居其下。
由此起义军正式分裂成两派势力。
李自成部活动于陕甘宁地区。
张献忠部游走于湖北、安徽、河南一带。
同年，皇太极为统合汉人力量逐鹿天下，改国号为大清。
1637年，兵部尚书杨嗣昌增加军饷280万，提出“四正六隅，十面张网”的策略。
以陕西、河南、湖广、江北为“四正”，由四省巡抚分剿而专防；以延绥、山西、山东、江南、江西、四川为“六隅”，由六省巡抚分防而协剿，形成“十面之网”围剿起义军。
有了军饷后的明军果然实力大增。
张献忠和罗汝才直接在湖北兵败投降朝廷，不过他们还是假意归顺，拒绝接受改编和调遣。
李自成则被洪承畴和孙传庭击溃，只剩了十八人逃到了商洛山躲藏起来。
农民军大起义暂时陷入了低潮。
面对如此绝境，却仍说低潮只是暂时的，是因为大明广大的穷苦百姓饱受剥削食不果腹的问题根本没有解决，反而越发严重了。
杨嗣昌增加军饷的那二百八十万两，多数是“三饷”中的剿饷，是对穷苦百姓们加税，从他们仅剩的救命钱粮中强征出来的。
如此治标不治本的方式，反而加剧了明朝的恶疾。
起义军不管被消灭多少，也一定会在这一点就燃的干柴中掀起燎原之势。
就算李自成、张献忠都被剿灭，被逼到死路的百姓中也一定会出现王自成、刘自成、赵自成重新带来百姓们起来反抗。
这便是大势所趋，也是历史的滚滚洪流。
1638年八月，皇太极以十四弟多尔衮为为主将，绕道从密云东面的墙子岭和青山口突破长城要塞，直下济南掠夺人畜四十六万。
卢象升临危受命抗敌，但因与杨嗣昌、高起潜等主和派政见不合，在诸多方面受到掣肘，军费、兵力皆严重不足。
卢象升名义上总督天下援军，实际却只有五千兵马可用，且粮草供应被切断，只能靠民间百姓自发捐助。
最终卢象升不敌，失去所有希望的他不肯突围苟活。
跃马冲入清军阵中，左胸先中一箭，拔箭挥刀再战，后腰又中一箭，仍奋战不止，最终身中四矢三刃，壮烈殉国。
可就是这样明知以弱势兵力对敌必然会死，也仍然为国奋战到死的忠义大将，崇祯却听信杨嗣昌对卢象升用兵无能的诬告，拒绝对其抚恤。
直到南明弘光政权建立，卢象升才得到迟来的理应属于他的谥号，“忠烈”。
清军大掠撤军后，孙传庭和洪承畴被调往辽东。
国内的起义军再次得到喘息和发展机会。
1639年，张献忠反叛明朝再度起兵造反，但被明将左良玉击败，被迫转战至四川。
蛰伏山中的李自成也卷土重来，经湖北进入河南，军队迅速发展到数万人，并喊出均田免赋的口号。
也就是起义军口中传唱的“吃他娘，喝他娘，闯王来了不纳粮”。
当然这种不纳粮的口号也只是在这种特殊时代下才能暂时做到，李自成是通过没收明政府和贵族官僚的财物、钱粮来维持军队和政权的运转。
真正进行统治的时候该纳粮还是得纳粮。
起义军在此均田免赋的方针下迅速重燃其席卷之势。
向着四川杀来的张献忠，让六十六岁的秦良玉再次横枪跃马征战沙场。
罗汝才率兵攻打夔州，秦良玉率军前往，罗汝才不战而走，秦良玉追至马家寨，大破罗汝才，斩首六百级，并率军追击。
先后在留马垭、谭家坪北山、仙寺岭大破敌兵，斩杀首领东山虎，惠登相、王光恩投降，夺取罗汝才帅旗，致使罗汝才军逐渐衰落。
然而就在秦良玉节节胜利，形势似有好转之际，杨嗣昌却不察此时明军实力和钱粮，想要将张献忠放入四川，借助地利一举将其围歼。
结果因为兵力不足，明军反而落败，致使明军良将张令力战而亡，明军和白杆军损失惨重。
身心俱疲的秦良玉只能竭尽所能筹措军粮继续募兵剿贼。
但她在石柱贮备的粮草火药有限，只能向朝廷请求拨粮、派兵支援。
但是四川巡抚邵捷春与杨嗣昌不和，另一方面他自己也只有两万弱卒驻守重庆，所能给予秦良玉的兵力和粮草支援十分有限。
与此同时，清军包围辽西重镇锦州，历时两年的松锦大战打响。
从1640年至1642年，锦州、松山、杏城相继沦陷。
此战被围松山的洪承畴、被围锦州的祖大寿都陷入兵尽粮绝之境，最终洪承畴城破被俘，祖大寿为保全军民性命选择了投降。
洪承畴在被囚期间，经历了从一心求死到被劝降后动摇屈服的心态变化，最终选择投降。
或者说他们是对腐朽衰败至此的明朝都到了绝望的地步。
（其中祖大寿在1631年大凌河之战中，就因粮尽援绝，被迫诈降过一次。
祖大寿投降清军后，基本未参与清朝对明朝的军事行动，也未曾为清朝出谋划策去攻打明朝，仅给外甥吴三桂写过一封劝降信。
而洪承畴投降后，为清朝出谋划策，帮助清朝稳定统治、开疆拓土，是清朝的开国功臣之一，所以被视为食国禄而忘国恩的背叛者。）】