亚莉桑德拉当然不知道岛津光久还在为恢复萨摩藩的实力，作着最后的努力，而在这个时候，她在琉球岛，衍然就是一位殖民地女总督的感觉。
其实就在征萨舰队还没有返回琉球岛的时候，一艘艘运载着各种物资、金银还有日本人口的船只陆续到达琉球岛，就己经向琉球王朝宣布了这次商家军进攻萨摩藩的战役的胜利。而在琉球王朝中，还有一些对萨摩藩依然抱以幻想的亲日派人士，也越来越觉得失望，最后几近绝望。
当然琉球王朝的亲明派势力也彻底扬眉吐气，也包括琉球王尚贤在内，尽管现在他们己经知道，这并不是真正的明军，而是一位明朝将军的私军，但那也沒关糸，总比萨摩人要强得多。而且在事实，商家军士兵的表现，也确实出萨摩士兵强多了。因此尚贤也觉得，如果一定要当傀儡，那么也是给商家军当傀儡要好得多。
而在亚莉桑德拉率领着最后一支舰队从九州岛返回琉球岛的时候，尚贤也带着琉球王朝的全部大臣，到码头迎接，那架式就好像是在迎接一位女皇一样。
虽然战事己经结束，但还是有许多善后的工作需要处理，因此舰队还不能马转回杭州。
首先是要确定，萨摩藩的势力是真的完全退出了琉球群岛。亚莉桑德拉派黄震带领第三分舰队，去巡视奄美诸岛，督促萨摩藩尽快撤离，以免留下后患。
其次是从萨摩藩抢来的这些东西和人口，分配到台湾的有三万多妇女和一万多男子，至少也需要分二次才能全部运完，而带回到杭州的，还有一万多名妇女，和绝大部份的物资钱财，另外还有三千多来自台湾的士兵，亚莉桑德拉决定，先把台湾的人口运走，然后再将剩下的人口物资一起带回杭州。而台湾士兵留下两千人，驻守琉球，以半年为期，轮流驻守。
运抵台湾的日本人中，工匠和男人将集中参加基隆煤矿的开釆工作，一边开釆一边学习汉语，而女人将首先接受必要的汉语训练，达到能够使用汉语进行一定的简单对话，简单的表达自己的意思，然后分配给移民台湾的单身男人，组成家庭。
接下来就是整顿琉球王朝，在刚刚攻占琉球的时候，曾经将首里的亲日派势力整顿了一次，而这次就是针对地方的亲日派势力。
当然商家军对琉球的内部事务并不熟，也不分不清楚到底谁是亲明派、谁是亲日派，但亚莉桑德拉却祭出殖民者屡试不爽的以夷治夷手段。先任命在清理亲曰派时有出色表现的郑充中为国相，执撑琉球王朝的朝政，蔡锦、金应元为长史、吉时逢、翁镇为议政大夫，这些人自然都是亲明派的大臣，另外最早投降的两名琉球军韩建中和刘克军也被委以重任，成为琉球军的最高统领。然后由这些人来完成对亲曰派的大清洗。
对于这些任命，身为琉球王的尚贤当然不敢有任何反对的意见，因此很快就在琉球建立了一个基本亲眀的政权机构。虽然说还不能完全把亲日势力完全清除干净，但只要商家军在琉球群岛保持着军事领先优势，也就不用但心他们会反水。
把这些事情都处理完了，亚莉桑德拉留下西班牙舰队驻守琉球群岛，任命莫亚驻守琉球岛，阿尔维斯驻守奄美岛，并接受台湾的直接管辖，然后才率领着舰队，返回杭州。而尚贤也派遣蔡锦、吉时逢两人为使者，随船一行来到中国，向南京朝廷朝贺。
征萨舰队是在九月下旬到达杭州，当然也受到商毅的热烈欢迎，因为这可是商毅首次主动对外作战，而且作战的对手还是日本，排除在另一时空里的中日仇恨，即使是在这个时代，中日之间也有不少纠葛，日本也是唯一一个中国周边并未向中国臣服，并且经常与中国为敌的国家。
在明朝开国之初时，朱元璋曾派遣使臣下国到日本，要求日本来朝拜中囯，并责令他们解决扰明倭寇。结果，国送达日本后，日本不仅没来朝贡，而且还砍了朱元璋使者脑袋，同时回复了一封尽极挖苦之能的国。虽然朱元璋扬言要出兵，征服日本，但鉴于蒙古大军攻日的惨败教训，最终也只能不了了之。
而现在商毅却可以凭借初步建立起来的海优势，和超越这个时代的武装力量，在这一战中彻底打败日本西南的强藩萨摩藩，同时也基本测出了日本的底细，还煅练了海军的跨海作战能力，可以不客气的说，如果没有满清的危胁，以商毅目前的实力，就足以扫平日本了。
当然胜利还是其次，这次对萨摩藩的胜利，商家军不仅彻底控制了球琉王朝，而且在日本一共掠夺回来了五万多的人口，白银加萨摩藩的第一笔赔款在内，约有一百五十万两，而其他物资拆算成银价，约有六七十万两，虽然现在这次征萨战争的总费用还没有完全统计出来，但也己经可以确定，决不可能超也一百万两白银，因此也可以说是收获巨大。
其实在浙江内部，并不是所有人都赞同这次进攻萨摩的战争。由其是行政部的这一部份，不少人都认为这次作战根本就没有必要，劳民伤财，就是在统战部里，李岩也觉得目前商家军的首要大敌是清廷，不是日本，没必要在这个时候给自己多树敌人。因此这一次最多也就击退萨摩舰队，保住先岛诸岛就够了。控制琉球，进攻萨摩，完全就是多余，只不过在商毅的强烈坚持的要求，和军队的全力支持，才发动了这一场战争。
但最终的结果却又一次证明，商毅是对的。尽管绝大多数人都没有意识到控制琉球对中国海防的重大意义，但但这一战的另一个结果却改变了以往中国对战争的观念，原来打仗并不都是劳民伤财，还是可以赚钱的。
因为中国古代的对外战争并不多，而且主要集中在对付北方的游牧民族，对外战争的目地一是为了开疆扩土，二是为了征服游牧民族向自己称臣，但纯粹己掠夺人口财富为目地的战争基本没有。当然这也和北方游牧民族基本没有什么东西可抢有关，另一方面中国古代的小农经济一向都是自己自足，也不需要靠掠夺别人来维持自己的生计，而是满足于四夷来朝，天下宾服的盛世景像中。
这样的战争，自然消耗巨大，即使是夺到了土地，也不可能马见到成效，因此中国的对外战争，一般只能发生在王朝刚刚开国的盛世初期时候。
而欧州各国的战争正好相反，绝大多数都是以掠夺为目标，由其是在大航海时代开启了之后，开始在全世界尽极所能的疯狂掠夺财富，十五、十六世纪的几个大国，基本都是靠打出来的。和一直与中国为敌的北方游牧民族十分相似，这也是欧州或游牧民族始终都热衷于战争，而中国却视好战为不详的主要原因。
不过这一次却不同，几乎是中国历史第一次依靠战争掠夺到大量财富，同时还迫使敌对势力签定了赔款的条约。以前可是只有中国王朝向敌人赔款的。由其这次还是这几百年来，一直都没办法的日本。
同时海军部也终于能够扬眉吐气一把，可不仅仅只是陆军能够建立战功的，海军同样也是一支百战百胜的队伍。
在征萨舰队回归之后，商毅也对目前的海军作出一些调整，目前海军的总体变化不大，依然保持现在的规模，为五支分舰队，一支外籍舰队的编制，另外还加李华梅的小舰队。而各分舰队的兵力和驻防的分布是：
第一分舰队驻守杭州湾，兼保护浙江沿海，战舰为：二级战列舰二艘，三级巡洋舰七艘，四级称为驱逐舰八艘，五级护卫舰五艘。两千料辅助战船一艘、一千料辅助战船三艘、六百料辅助战船五艘。五百料飞剪船一艘，二百料飞剪船二艘。
第二分舰队驻守山东登州，受山东战区指挥，战舰为：二级战列舰一艘，三级巡洋舰六艘，四级称为驱逐舰六艘，五级护卫舰四艘。两千料辅助战船一艘、一千料辅助战船二艘、六百料辅助战船四艘。五百料飞剪船一艘，二百料飞剪船二艘。
第三分舰队驻守台湾，兼管琉球群岛地区，战舰配置与第二分舰队一样。
第四分舰队驻守长江入海口，兼保护整个长江下游地区，战舰为：三级巡洋舰五艘，四级称为驱逐舰六艘，五级护卫舰四艘。一千料辅助战船二艘、六百料辅助战船五艘。二百料飞剪船二艘。
第五分舰队和第一分舰队一样，也驻守杭州湾，保护浙江沿海，战舰配置与第四分舰队一样。
外籍舰队驻守琉球群岛，战舰为：三级巡洋舰三艘，四级称为驱逐舰五艘，五级护卫舰八艘。一千料辅助战船二艘、六百料辅助战船四艘。二百料飞剪船二艘。