秦始皇赢天害怕得来的长生不老药乃是假的，想要再得到一个，用另一个试药。
于是乎秦始皇又使燕人卢生求羡门、高誓等仙人踪迹，后来又使韩佟、侯公、石生求仙人不死之药。
对于秦始皇这种行为，也有儒生表示劝谏的，博士齐人淳于越建议始皇仍实行分封宗室子弟为诸侯的政策，始皇交给臣下讨论。丞相李斯反对。李斯的奏议促成了秦始皇帝下令焚，规定史书非秦纪皆烧之；非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家《论》者，悉诣守、尉杂烧之；有敢偶语《诗》、《书》者，弃市；以古非今者，族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。准保存者，医药卜筮种树之书。若愿学法令，则以吏为师。
始皇心里已感到受骗，于是命令御史案问诸生，互相揭发牵连四百六十余人，始皇下令把他们都在咸阳活埋。秦始皇坑杀的乃是术士，并不是儒生。
秦始皇完成了统一中原的大业之后，经过一系列的准备，始皇帝二十九年（前218年），秦始皇命大将屠睢率50万大军，发动了南征百越的战争，这场战争是秦朝诸战中最艰难激烈一仗。
秦军共分五路，一路攻取东瓯和闽越，两路攻南越，其余两路攻西瓯。
《淮南子·人间训》记载了秦始皇南征百越的艰难历程：“使尉屠睢发卒五十万为五军……三年不解甲驰弩，使监禄无以转饷；又以卒凿渠而通粮道，以与越人战，杀西呕君译吁宋；而越人皆入丛薄中与禽兽处，莫肯为秦虏，相置桀骏以为将，而夜攻秦人，大破之，杀尉屠雎，伏尸流血数十万，乃发适戍以备之。”
秦军兵分五路，经广西北部的越城岭、湖南南部的九嶷山以及江西南康和余干等地，向两广地区的越族进军。战争前后相持达三年之久。
始皇帝三十三年（前214年），秦始皇命任嚣和赵佗再次进攻百越各部族。
秦军势如破竹，该战使整个岭南地区从此划入了秦朝的版图。
史籍称先秦时期岭南是烟瘴南蛮之地，刀耕火种的氏族社会，至秦军南下带来先进技术始融入文明。
秦军南下带来了北方中原农耕技术与先进文化，使岭南地区迅速从刀耕火种时代平稳进入农耕文明时代。秦攻百越战争是秦始皇统一战争的重要组成部分，它对促进中原与百越的融合及百越社会政治、经济和文化的发展都起着不可忽视的作用。
战国时期中原各国忙于征战，无暇北顾，匈奴经常袭掠与其接壤的秦、赵、燕三国北部边地。为解除匈奴对秦的威胁，秦始皇命蒙恬率30万大军北击匈奴。
始皇帝三十三年（前214年）春，蒙恬统主力军从上郡北出长城攻其东；杨翁子率偏师由肖关出长城攻其西。匈奴败逃。秦遂取河南地）。
沿河置44县，移民垦守。因匈奴不断来攻，次年秋，秦始皇复命蒙恬军又北渡黄河，取高阙，攻占阳山（狼山、阴山）、北假。
匈奴不敌，向北迁徙。
为巩固河南地区，秦置九原郡。
这场反击战，解除了匈奴贵族的侵扰与破坏，“悉收河南地”，使今河套内外，大河南北的广大地区，在一个相当长的时间内摆脱了兵祸的灾难。
北伐匈奴的同时，朝廷又徙去大批刑徒，“实之初县”。
始皇帝三十五年（前212年），进一步增加了徙边的人数。除谪徙刑徒外，还鼓励一般民众移居边地。如始皇帝三十六年（前211年），一次就从内地徙民三万家至北河、榆中定居，凡是去了的，均“拜爵一级”。这些迁去的民众与刑徒，一面屯垦，一面戍边，对于开发北方边地，充实武备，发挥了重要作用。
秦始皇为开拓西南，由于西南各族人民和内地有着长期的交往，决定打通西南。派常頞通西南夷。
常頞以其交通受阻，乃发众开凿了一条从今四川宜宾通往云南滇池一带的栈道，因“其处险厄”，“道广才五尺”，故名五尺道。
栈道开通后，大秦的势力直接抵达且兰、夜郎、邛都、昆明等地，并在这里设官“置吏”，建立了行政机构。
与此同时，秦又经蜀郡，加强了与邛都、筰、冉者的联系，并使之纳入了郡县制的行政系统。
从此，西南少数民族地区不仅密切了与内地的关系，而且成为了统一多民族国家的一部分。
此外，秦始皇还开了通往西南的五尺道，大致自今四川宜宾至云南曲靖一线，控制了当地的部族国家，将政治势力伸入了云贵高原。
秦灭六国之后，即开始北筑长城。
当时中原刚统一，各地原来的贵族势力还很强，若不保持中央各地之间的交通和联系，国家随时会处于再次分裂的局面，所以必须尽快改善中央到各地及其他各郡、县之间的交通和联系，因此须尽快建设道路。
由于多年的战争，原各国的农业设施受到相当大的破坏，或因战争而年久失修；在统一后必须尽快恢复农业生产；因此花相当大的人力来疏通河道，修复水渠，对水路交通和农业灌溉都有利，是很有必要的。
修建长城，是为了保护北部边境人民的生命财产的安全，其目的也是为了减少人民的负担；由于匈奴是游牧民族，其骑兵活动范围很大，没有长城的话，要很多军队来防守，这会给人民增加很大的负担。
万里长城不是他开创的，他只是把原来秦国，赵国和燕国北边原有的长城连接起来。
战国时期，各国的度量衡制度很不一致。秦始皇以原秦国的度、量、衡为单位标准，淘汰与此不合的制度。秦廷在原商鞅颁布的标准器上再加刻诏书铭文，或另行制作相同的标准器刻上铭文，发到全国。
与标准器不同的度、量、衡一律禁止使用。在田制上，秦王朝规定6步（约合今23.1厘米[152]）为尺，240步为一亩。
这一亩制以后沿用千年而不变。
秦统一后，规定货币分金和铜两种：黄金称上币，以镒（秦制20两为镒）为单位；铜钱称下币，统一为圆形方孔，以半两为单位。金币主要供皇帝赏赐，铜币才是主要的流通媒介。
秦始皇采取了两种统一货币的主要途径：一是由国家统一铸币，严惩私人铸币，将货币的制造权掌握在国家手中。
二是统一通行两种货币，即上币黄金和下币铜钱。改黄金以“镒”为单位，一镒为二十两。
铜钱以“半两”为单位，并明确铸金币明“半两”二字。铜钱造型为圆形方孔，俗称“秦半两”。
原来六国通行的珠玉、龟贝、银锡等不得再充当货币，及至秦，中一国之币为二等；黄金以镒名，为上币；铜钱识曰半两，重如其文，为下币。而珠玉、龟贝、银锡之属为器饰宝藏，不为币。
从前222年开始，秦始皇开始大幅修筑以国都咸阳为中心，向四面八方延伸出去的驰道，类似现代的高速公路。
驰道并实行“车同轨”，均宽五十步。驰道的作用有数项，一说是使交通方便，以利管理六国旧地，一说主要目的为方便北方战争前线的补给，还有一说是方便始皇出巡时能畅通无阻。除秦直道和秦栈道外大多在秦故地与六国旧道以及在秦征伐六国时修建的道路上基础上拓建而成。
着名的驰道包括：上郡道、临晋道、东方道、武关道、秦栈道、西方道及秦直道。
秦始皇在扫灭六国后，为方便运送征讨岭南所需的军队和物资，于是命史禄开凿河渠以沟通长江水系的湘江和珠江水系的漓江。
运河在最终在秦始皇二十年至二十三年（前219年—前215年）修成。
灵渠是世界上最古老的运河之一，它自贯通后，二千多年来就一直是岭南与中原地区之间的水路交通要道。
秦始皇统一六国以前，注意到对西南、东南和西北地区少数民族的统治，从而加强了以华夏民族为主的多民族的统一国家的政治关系和文化关系。
在统一以后，就在西南少数民族地区置吏，使之成为秦国的一个组成部分。
秦灭楚后，就进一步统一东南越族地区，于东瓯和闽越之地建立了闽中郡。
随后秦始皇命令屠睢统率50万大军分五路南下，深入今湖南、广东和江西境内。
同时发配负债的贫民、赘婿、贾人支援战争，终于统一了南越和西瓯地区，建置了南海郡、桂林郡和象郡。从此这些地区就成为秦国的疆域。
战国后期从西到北有一支强大的游牧部落——匈奴勃然兴起，活动在阴山之北的头曼城，其酋长头曼单于经常利用行动迅速的骑兵深入中原掠夺粮食、人口，焚烧村舍。赵武灵王因此采取防御措施，移民开垦。
但是仍不能阻止匈奴的南下，九原河南（指黄河以南）一带为其所占有。
始皇帝二十六年（前221年），迁3万户到河北榆中垦殖，同时在原来秦、赵、燕的北边长城基础上，建成长达5000里的长城。
殷商以降，文字逐渐普及。
作为官方文字的金文，形制比较一致。
但是春秋战国时期的兵器、陶文、帛等民间文字，则存在着区域中的差异。
这种状况妨碍了各地经济、文化的交流，也影响了中央政府政策法令的有效推行。
于是，秦统一中原后，秦始皇下令李斯等人进行文字的整理、统一工作。
李斯以战国时候秦人通用的大篆为基础，吸取齐鲁等地通行的蝌蚪文笔画简省的优点，创造出一种形体匀圆齐整、笔画简略的新文字，称为“秦篆”，又称“小篆”，作为官方规范文字，同时废除其他异体字。
此外，一位叫程邈的衙吏因犯罪被关进云阳的监狱，在坐牢的10年时间里，他对当时字体的演变中已出现的一种变化（后世称为“隶变”），进行总结。
此举受到秦始皇的赏识，遂将他释放，还提升为御史，命其“定书”，制定出一种新字体，这便是“隶书”。
隶书打破了古体汉字的传统，奠定了楷书的基础，提高了书写效率。
秦始皇下令统一和简化文字，是对中国古代文字发展、演变做了一次总结，也是一次大的文字改革，他对中国文化的发展起了重要作用。
“行同伦”就是端正风俗，建立起统一的伦理道德和行为规范。
秦朝也给予相当的重视。比如秦始皇二十八年（前219年），秦始皇来到泰山下。
这里原是齐国故地，号称“礼仪之邦”。秦始皇就令人在泰山所刻的石上记下男女之间界限分明，以礼相待，女治内，男治外，各尽其责，从而给后代树立好的榜样，予以表彰。
而始皇三十七年（公元前210年）在会稽刻石上留的铭文，则对当地盛行的淫泆之风，大加鞭笞，以杀奸夫无罪的条文来矫正吴越地区男女之大防不严的习俗。
战国时期，各国车辆形制不一。
秦始皇统一全国后，定车宽以六尺为制，一车可通行全国。
三十六年，荧惑守心。有坠星下东郡，至地为石，黔首或刻其石曰“始皇帝死而地分”。始皇闻之，遣御史逐问，莫服，尽取石旁居人诛之，因燔销其石。
（火星侵入心宿，这种天象象征着帝王有灾。有颗陨星坠落在东郡，落地后变为石块，老百姓有人在那块石头上刻了“始皇帝死而土地分。”始皇听说了，就派御史前去挨家查问，没有人认罪，于是把居住在那块石头周围的人全部抓来杀了，焚毁了那块陨石。）
看到这里，皇帝赢天不由得大惊失色。
果不其然，占卜幻象之中。
三十七年（前210年），秦始皇死于他第五次东巡途中的沙丘宫。
秦始皇死后，赵高采取了说服胡亥威胁李斯的手段，二人在沙丘宫经过一番密谋，假造秦始皇发布诏书，由胡亥继承皇位，还以秦始皇的名义指责扶苏为子不孝、蒙恬为臣不忠，逼迫他们自杀，不得违抗。
在得到扶苏自杀的确切消息后，胡亥、赵高、李斯这才命令车队日夜兼程，迅速返回咸阳。
为了继续欺骗臣民，车队不敢捷径回咸阳，而是摆出继续出巡的架势，绕道回咸阳。由于暑天高温，秦始皇的尸体已经腐烂发臭。